La historia de esta tierra aún vería momentos difíciles con ocasión de la guerra entre el rey pamplonés y Ramiro I de Aragón, ambos hermanos y sucesores de Sancho el Mayor, quien por su testamento había separado el territorio aragonés del de Navarra convirtiéndolo en reino. En esa campaña esta villa verá pasar al ejército aragonés, en 1043, camino de Biel y Tafalla, poniendo fin a una posible dominación navarra sobre la zona del oeste del Gállego.
     Desde 1033, por designios de Sancho el Mayor, Agüero será una de las tenencias aragonesas que defiendan el reino pirenaico en la zona del Gállego. Una tenencia que -adaptada a los accidentes naturales del país- respondía a un conjunto de castillos en las sierras Guillén, Carbonera y Valdelosica, es decir, a Uncastillo, Luesia, Biel y Murillo. Esta tenencia de frontera estará centrada en el castillo agüerano, que será la base de la comitiva militar del tenente o seníor y tendrá un pequeño territorio alrededor, del que el Señor sacará tributos para sostener la plaza.
     El primer tenente sería Jimeno lñiguez, a quien sucedería su hijo Fortún antes de 1036. En el año 1068 estará Fortún Iñigones como «alférez, en Agüero y en Riglos». El 4 de septiembre de 1 092 ya ocupará la tenencia Fortún López, «alférez, en Agüero y en Riglos». Estos datos nos hacen detectar la coincidencia de que, en el siglo XI, dos tenentes de Agüero forman parte de la corte real aragonesa en cuanto que ocupan el cargo de alférez. Este cargo tenía que ser ocupado por personas de buen linaje, ya que le correspondía al alférez guiar el ejército real cuando el monarca no iba a la guerra. Este dato, en extremo curioso, nos lleva a pensar en una familia de tenentes de Agüero que ocupan el cargo de alférez real, es decir, en la vinculación al cargo de unas tenencias fronterizas de importancia.
      A la vista de los documentos de la época se ve que la zona de Agüero y sus Mallos es entendida como una zona definida geográficamente y con personalidad propia; una comarca fronteriza en la que tienen propiedades ilustres personajes aragoneses de momento. Curioso es a este respecto el testamento que hacen Oriol lñíguez y su esposa, antes de iniciar una peregrinación en 1057, por el que sabemos que tenían dos casas: una en Abós y otra en Agüero, con once camas, una cama con pabellón, veintidós colchones, un cobertor de seda, una manta, dos pares de sábanas rayadas, seis vasos de plata, pieles, espadas, espuelas, cinturón y montura de plata, casco de hierro y capa de seda ubaidí para cerrar el atuendo militar. Todo esto acabará siendo propiedad de San Juan de la Peña, por donación de un hijo de éstos llamado Fortuño Oriol.
     Sobre esta definida entidad geográfica nacerá y vivirá el curioso Reino de los Mallos, un minúsculo estado que tendrá su institucionalización por obra de Pedro I de Aragón y la tolerancia de su hermano Alfonso I el Batallador. Su monarca será una mujer: la reina doña Berta, una italiana que contrajo matrimonio con el rey Pedro I, en la catedral de Huesca, el domingo 16 de agosto de 1097.
     Con ocasión de la boda regia, don Pedro dotó a su esposa con un pequeño territorio y con algunos bienes sitos en Huesca, Sangarrén y una almunia emplazada entre Berbegal y Monterroyo. Con estos territorios se formaría un minúsculo estado en los límites de la montaña aragonesa. Formarán parte de él, los lugares de Agüero, Murillo, Riglos, Marcuello y Ayerbe, completándolos los territorios de Sangarrén y Callén, unidad separada y enclavada en la Hoya oscense y a orillas del río Flumen.
     Tras emitir varios documentos, hechos por el escriba de la reina -el capellán Juan-, podemos saber que la reina doña Berta gobernó «bajo la gracia de mi señor el rey don Pedro, que está ya muerto, y con el amor del dicho cuñado mio», Alfonso. Uno de estos documentos, de 1105, nos habla que doña Berta concedió al obispo Esteban la novena que acostumbraban dar los pobladores de San Félix: que pastan las bestias en los montes de Agüero y que, aquellos, corten leña, madera, bellotas y, además de otras cosas, hierba.
     El reino de los Mallos, centrado en el territorio de Agüero, desaparecerá en torno al año 1110. Una vida efímera para el dominio de una mujer que ejerció de reina -caso único- dentro de las tierras del Reino de Aragón y existiendo un monarca titular del trono de los Ramírez. Avatares del destino, el reino fue mermándose en sus exiguos territorios hasta pasar totalmente a la corona de Batallador quien, después de terminar con esta anomalía política, entregó el distrito militar a Castañ, un personaje franco amigo de infancia del rey aragonés, quien aún gobernará la plaza en 1137 tras morir su protector.
     Castañ, conocido también como Castán de Biel, gobierna Agüero, Biel, Aniés, Chalamera, Murillo de Gállego y Riglos desde 1110. En 1134 aún posee la tenencia de Murillo y en 1137 tiene las de Riglos y Agüero. A éste le sucederá Lo­ferrench, quien sería tenente y señor de Agüero entre abril de 1155 y octubre de 1162. Después ocuparía también el señorío de Luna, concretamente entre 1162 y 1172.